《本草纲目》作为中国传统医药学的集大成者，具有划时代的意义，对后世的中医、中药学的发展具有深远影响。

    这些影响首先体现在它的问世标志着炼丹时代的终结和医药时代的开始，这是中医药学发展进程中划时代的一笔。中国古代的炼丹术源于长生不老的神话故事，为历代统治者所推崇，并在历史进程中，一度控制着整个医药学的发展。到了大唐，炼丹术发展到了鼎盛。李时珍在《本草纲目》一书中坚决反对炼制“长寿金丹”，并抵制“道士”“方士”具有宗教迷信色彩的炼丹行为。李时珍能辩证地对待炼丹术，他一边反对与抵制其欺骗性与宗教迷信色彩，一边又慎重地吸取并总结了古代“方士”们一代代累积下来的有用知识。这些知识李时珍经过进一步论证，便形成了《本草纲目》中矿物药的部分。他详细记述了217种不同性质和用途的矿物质药物，并对这些金属及矿物质在治疗疾病上的功效以及人体保健上的作用进行了全面、深入的论述。

    李时珍在当时观察到的现象和提出的问题，一直到科学发达的当今，仍有不少还是未解之谜。我们这里需要着重强调的是他对于“微量元素与健康学”的卓越贡献。应该说，我国在对微量元素与健康学的研究方面有比较悠久的历史，虽然当时的研究者并没有提出“微量元素”这个概念，但在《本草纲目》这部不朽的巨著之中，突出地反映了古人在“微量元素与健康学”方面的研究成就。在长期的封建统治下，这些研究成果像中国很多研究发现一样，没能得到发扬光大，从而导致“微量元素与健康”直到20世纪70年代才作为一门独立学科诞生。

    《本草纲目》在医药史上还具有承前启后的作用。该书历时30年才成书问世，书中内容是对以前的诸家本草专著和历代社会用药经验的总结，也有对以前本草专著的误处进行的纠正，其内容广泛，论述博而不繁。该书对药物的分类法采用了科学的自然分类法。这在药物分类方面是一大进步。同时它还介绍了许多关于植物学、动物学、矿物学和化学的知识，是一本具有综合价值的书籍。