萨尔浒之战震撼了明朝的统治基础，京城内外，一片慌乱。明廷万历皇帝在人民心中的形象，更是一落千丈，朱氏政权的统治地位，发生了动摇。消息传到北京后，京城人民无不惊骇，公卿子女纷纷逃离北京。京城上下流言四起，一时混乱不堪，人心大变。

萨尔浒战后，在辽河两岸，明与后金的军事形势发生了根本的变化。战前，后金东北有叶赫，西北有开原重镇，仅正东一条路可以畅通无阻。战后，叶赫部虽然心向明朝，但慑于努尔哈赤的军事力量，不得不在明与后金之间，保持观望的态度，这样努尔哈赤便可大施拳脚，而无所畏惧了，他用兵频繁，出入无常。

为了与明作战方便，避免长途拔涉，努尔哈赤先后在明朝近边建有界凡城和萨尔浒城。早在明军在辽阳誓师，准备征长赫图阿拉时，努尔哈赤就派兵1.5万人，往界凡城运送筑城的石头，另派骑兵400人护送。名为筑城，实际上是设伏防守，并草筑萨尔浒城，在萨尔浒大战时，后金兵曾以两城为依托与明军进行交际花战。战后，努尔哈赤对诸将说：“战马羸弱，当趋青草喂养，吾欲据界凡筑城，屯兵防卫，令农夫得耕于境内。”城筑好以后，努尔哈赤的迁驻之议却受到大臣们的阻挠。诸王臣奏曰：“不如还都，各修马厩，采草牧养，以水洗濯，方得肥壮也。士兵回家，以便整顿器具。”